基寡糖素的作用机理主要有三点：
1、氨基寡糖素可以诱导作物产生一种几丁质酶来分解吸收线虫和卵壳中的壳寡糖使线虫体壁和卵壳溶解掉，从而导致线虫和虫卵死亡，提前和经常在作物上使用氨基寡糖素可诱导几丁质酶的数量长时间保持在较高水平，达到预防线虫的目的。
2、氨基寡糖素施入土壤后，能在短时间内培养起大量的放线菌等有益菌群，这些有益菌群分泌出的大量抗生素类物质和抗性酶（几丁质酶等）可直接抑制线虫和虫卵，同时抑制腐霉菌、疫霉菌、丝核菌、尖镰孢菌、霉菌、镰刀菌等有害菌群，从而减轻因线虫危害造成的有害菌的复合侵染，减轻“死棵”。
3、氨基寡糖素具有强大的生根养根作用，促进根系细胞的分生，使毛细根快速增多，减少沤根、死根和腐烂根的出现，促使根系发达。因此当作物在生长或结果盛期出现线虫危害时，通过灌根处理可以使作物重新恢复生机，保持正常生长状态，因此能够将线虫危害带来的损失降到较低，该产品防治死棵子的原理是产生大量的放线菌，从而让死棵子的病菌无处插足。大量的氨基寡糖素刺激作物生根壮根，增强作物抵抗力，从而加强吸收，达到丰产丰收。还对白粉虱有显著的抑制作用，原理还是对白粉虱的卵有铲除作用。
